一般来说，对论文的引用会在论文发表之后两年、三年或四年间达到最频繁的情况，但有些论文在多年以后仍会被引用。有少数论文的重要性在一段时间以后才会被认识到。同时由于论文类型、领域以及所报告的成果性质上的不同，这种模式的具体情况也会有很大的不同。例如，报告某种发现的论文可能会很快得到重视，但随着其他论文进一步阐明该发现，原论文的重要性会随之下降。而报告某种方法或技法的论文的引用频率则会随着该方法得到普及、其应用得到证明，在多年以内逐步增长。
由于各个领域内的引用率各不相同，并且较早的论文被引用的次数比较新的论文多，所以选择高被引论文时，所采用的流程也需要考虑到这些因素。首先是计算不同的引用层次上被引用的论文个数，从而构建出每个领域和年份中的分布情况。然后根据各个领域/年份的分布情况设置选择阈值，使得各领域/年份中获得的论文数占相同的比值。
计数的时间段为 10 年，再加上当前年份的部分年份计数（每两到四个月更新一次数据）。这就表示在这 10 多年的时间段中的任何论文被同一时段内的任何项目引用时，都会计算在内。会计算所有来源进行的引用，并且累计从出版年开始到当前年份的所有引用。确定时间段时使用的是数据库年份（即项目录入数据库的实际年份，并不一定是出版年份）。
选择高被引论文时，将对期刊分组内的所有论文使用对应领域和年份的特定引用率中断值。引用阈值是根据引用情况的分布确定，确保能够选取出每个年份和领域的论文中指定的最优秀部分。阈值基于的是“基线百分位数”表的“全部年份”栏中所给出的中断值。
论文包括普通的科学论文、评论文章、会议录文献和研究记录。致编者函、勘误通知以及摘要均不属于计算之列。仅对 Web of Science 核心合集所覆盖期刊中的论文进行计数。
计数时，将以分为 22 个领域的期刊分组作为基础。各领域将采用唯一的期刊分组方式，任何一个期刊均不会分入多个领域。其中的“多学科”领域包含了 Science 和 Nature 这样的期刊。如果是在论文这一层次上进行分类，则会将其分入特定的领域中。在分析某个单独的科学家、机构或国家/地区时，应将这个因素考虑在内。